Estructura ANUIES

La ANUIES está integrada por Órganos Colegiados y una Secretaría General Ejecutiva (SGE). Esta instancia operativa está representada por el Secretario General Ejecutivo, quien además de fungir como el responsable legal de la Asociación, también tiene las facultades de organizar la dependencia y ejecutar los acuerdos tomados en las reuniones correspondientes. Los Órganos Colegiados son:

Asamblea General, órgano supremo de la Asociación, constituido por todas las instituciones afiliadas.
Consejo Nacional, órgano colegiado de dirección y articulación de la Asociación, integrado por los titulares de 15 instituciones afiliadas.
Consejos Regionales, instancias colegiadas de coordinación del trabajo regional de las instituciones asociadas, que se integran por los titulares de las instituciones de la región. La ANUIES, por cuestiones operativas, ha dividido geográficamente al país en 6 regiones, en cada una de las cuales actúa un Consejo Regional: Noroeste, Noreste, Centro-Occidente, Metropolitana, Centro-Sur y Sur-Sureste
Consejos Especiales: El Consejo de Universidades Públicas e Instituciones Afines (CUPIA) compuesto por universidades públicas e instituciones análogas; y el Consejo de Universidades Particulares e Instituciones Afines (CUPRIA), integrado por instituciones particulares.